Vamos analisar as alternativas uma a uma, considerando a legislação que rege a responsabilidade dos servidores públicos e a possibilidade de responsabilização em esferas distintas (administrativa e penal). A) Pedro não poderia ser responsabilizado em duas instâncias distintas com base nos mesmos fatos. - Esta afirmação está incorreta, pois a responsabilização administrativa e penal são independentes. B) Pedro somente poderia ser responsabilizado perante a instância criminal após o trânsito em julgado da decisão proferida na instância administrativa. - Isso não é verdade, pois as esferas são independentes e podem ocorrer simultaneamente. C) Pedro somente poderia ser responsabilizado perante a instância administrativa após o trânsito em julgado da decisão proferida na instância criminal. - Novamente, isso não é correto, pois as esferas são independentes. D) A responsabilização administrativa e a penal se interpenetram caso seja reconhecida, em uma ou outra, que o fato não existiu ou que Pedro não foi o seu autor. - Essa afirmação é verdadeira, pois se um fato é considerado inexistente ou se Pedro não é o autor em uma das esferas, isso pode impactar a outra. E) A responsabilidade administrativa de Pedro será afastada no caso de absolvição criminal que negue a existência do fato ou sua autoria, mas a recíproca não é verdadeira em se tratando de absolvição administrativa. - Esta afirmação também é correta, pois a absolvição criminal pode impactar a responsabilidade administrativa, mas não o contrário. Diante da análise, a alternativa que melhor reflete a sistemática estabelecida no regime jurídico dos servidores públicos é a E.