Ei Tiago, vc quer compilar ou plotar ? Compilar é criar um executável, e dependendo da versão do linux é só rodar aptget install que o sistema instala automático. Plotar é só vc criar o arquivo com os dados que quer plotar e ao entrar no gnuplot chamar o comando plot+nome_do_arquivo....

QQ coisa chama aí que tentamos juntos.