Os grupos funcionais são responsáveis por determinar as propriedades físicas e químicas dos compostos orgânicos. Por exemplo, a presença de grupos hidroxila (-OH) em um composto orgânico pode torná-lo mais polar e, portanto, mais solúvel em água. Além disso, a presença de grupos funcionais pode influenciar a acidez ou basicidade do composto, bem como sua reatividade química. Por exemplo, compostos com grupos carbonila (-C=O) são mais suscetíveis a reações de adição nucleofílica.