A estrutura molecular dos compostos orgânicos afeta diretamente suas propriedades físicas e químicas. Por exemplo, a presença de grupos funcionais em uma molécula pode determinar se ela é polar ou apolar, influenciando em sua solubilidade em água e outros solventes. Além disso, a estrutura molecular também pode afetar a reatividade química do composto, determinando quais tipos de reações ele pode participar. Um exemplo específico é o etanol (CH3CH2OH), que é um composto polar devido à presença do grupo hidroxila (-OH). Isso faz com que o etanol seja solúvel em água e outros solventes polares, mas insolúvel em solventes apolares, como o hexano. Além disso, a presença do grupo hidroxila também torna o etanol mais reativo em reações químicas, como a oxidação para formar o ácido acético.