Aplica-se os costumes nos casos de lei em desuso ?

Não necessariamente, pode acontecer de haver adequação social da conduta praticada, o que se difere, a todo genero, dos costumes.

Não, a lei sempre vai prevalecer sobre os costumes, caso o juiz não consiga aplicar uma sanção por causa da lei (basicamente, na sua falta ou inexistência), ele irá olhar a analogia, os "costumes" e depois os princípios gerais de direito.