Vamos analisar cada uma das alternativas para identificar qual delas apresenta a pontuação correta: a) "Haveis de entender, começou ele, que a virtude e o saber, têm duas existências paralelas..." - A vírgula antes de "têm" está incorreta, pois não é necessário separar o sujeito do verbo. b) "...ou, por outras palavras mais enérgicas, não há espetáculo sem espectador." - A vírgula antes de "ou" está correta, mas a frase pode ser considerada um pouco confusa. c) "Considerei o caso, e entendi..." - A vírgula antes de "e" não é necessária, pois não se trata de uma oração coordenada que exija essa separação. d) "...e por outro lado, o princípio da vida futura não está em uma certa gota de sangue de vaca." - A vírgula após "lado" está correta, pois separa a expressão "por outro lado" do restante da frase. e) "Não sabíamos em que maneira déssemos ao bonzo, as mostras do nosso vivo contentamento e admiração." - A vírgula antes de "as mostras" está incorreta, pois não deve haver separação entre o verbo e seu complemento. Após essa análise, a alternativa que apresenta a pontuação correta é: d) "...e por outro lado, o princípio da vida futura não está em uma certa gota de sangue de vaca."