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Aminoácidos, Péptidos e Proteínas Aminoácidos, Péptidos e Proteínas • As proteínas são as macromoléculas biológicas mais abundantes; • São constituintes fundamentais de todas as células, sendo o veículo que transporta a informação do DNA para as várias actividades celulares; • Constituídas por aminoácidos ligados entre si; • A função de uma proteína é determinada pela sua estrutura, logo depende da sequência de aminoácidos que a constitui. Aminoácidos • Molécula orgânica constituída por, pelo menos, um grupo amina e um grupo carboxilo; • Existem cerca de 20 aminoácidos presentes nas proteínas, sendo todos eles α- aminoácidos; • α-aminoácidos: o grupo amina e o grupo carboxilo estão ligados ao mesmo carbono (carbono- α); O α-aminoácido mais simples. Estrutura geral de um aminoácido. •Um aminoácido é definido pelo seu grupo lateral (R). Aminoácidos Essenciais • Aminoácidos essenciais são aqueles que não são sintetizados pelo organismo humano; • É fundamental uma dieta equilibrada em aminoácidos essenciais; • Os nove aminoácidos essenciais para o Homem são: fenilalanina, valina, treonina, triptofano, leucina, isoleucina, metionina, histidina e lisina; • Para além destes, a arginina, cisteína, glicina, glutamina e tirosina são condicionalmente essenciais, dependendo das características da população; • Por exemplo, doentes de PKU (fenilcetonúria) necessitam de ingerir regularmente tirosina. Off-topic: PKU é uma doença genética autossómica recessiva caracterizada por uma deficiência na enzima fenilalanina hidroxilase, que catalisa a reacção de síntese da tirosina a partir da fenilalaniana. Estereoisomeria • Devido à geometria tetraédrica em torno do carbono-α, os vários grupos podem ocupar dois arranjos espaciais diferentes (L- e D- aminoácidos); • O carbono-α é, portanto, um centro quiral (o que implica que é opticamente activo); • Como as duas formas não podem ser sobrepostas, designam-se enantiómeros; • Os L-aminoácidos predominam na Natureza. D-gliceraldeído L-gliceraldeído Estereoisómeros da alanina. Classes de Aminoácidos • A classificação depende das características do grupo R; • Classificação quanto à: – Polaridade (polar ou apolar) – determina a tendência para interagir com a água; – Carga (positivo ou negativo) – propriedades ácido- base; – Aromáticos; Aminoácidos polares. Aminoácidos apolares. Aminoácidos positivos. Aminoácidos negativos. Aminoácidos aromáticos. É de notar que, devido à presença de ligações π deslocalizadas, estes aminoácidos têm uma absorvância muito característica na região dos ultravioletas. Propriedades Ácido-Base • Quando em solução aquosa, um aminoácido existe sob a forma de um ião dipolar (zwiterião, do alemão “ião híbrido”); • Um zwiterião pode actuar como ácido ou como base (os aminoácidos são anfotéricos); Curvas de Titulação Curva de titulação da glicina. Curva de titulação do glutamato. pKa do grupo carboxilo ~2 pKa do grupo amina ~9 •Os aminoácidos têm várias regiões tampão. Ligação Peptídica • É a ligação de 2 aminoácidos (com libertação de água) para formar um dipéptido. Esquema geral da reacção. Exemplo de um pentapéptido: Ser–Gly–Tyr–Ala–Leu. •Oligopéptido – “vários” aminoácidos; •Polipéptido – “muitos” aminoácidos; •Proteínas – milhares de aminoácidos. Maior proteína conhecida: titina – tem cerca de 27000 aminoácidos. Cadeias de aminoácidos Péptidos (Nº a.a. < 30) Ribossomáticos Não Ribossomáticos Polipéptidos Polímeros de aminoácidos Massa molecular (Da ou MW) Independente da conformação estrutural Estruturas Estrutura Primária Estrutura Secundária Hélices α Folhas β Local Estabilizada por pontes de Hidrogénio Turns Hélices α Folhas β Anti-Paralelas Paralelas Estrutura Terciária Tridimensional Forças intervenientes na estrutura • Ligações Hidrofóbicas • Pontes de enxofre Dependentes do meio Motivos e Domínios Estrutura Quaternária Fibrosas Globulares Máquinas Moleculares Técnicas de separação • As características das proteínas e de outras biomoléculas usadas nos vários processos de separação são: – solubilidade, – carga iónica, – tamanho molecular e – especificidade da ligação com outras moléculas biológicas. • Cada proteína precipita a concentrações de sal diferentes, esta característica é aproveitada como um meio de purificação proteica Solubilidade Proteica Cromatografia por exclusão molecular •A fase estacionária (matriz) consiste num gel com poros de diferentes tamanhos proteinas com maior massa •Recolha das proteínas de menor massa que entretanto percorreram o ‘caminho’ dos poros Cromatografia por troca iónica •Moléculas carregadas ligam-se a grupos de carga oposta que se situam na matriz proteínas com carga negativa •Remoção das proteínas que se ligaram à matriz é feita alterando as características do meio Cromatografia por afinidade •Um ligando que tem uma afinidade específica a uma certa proteína é ligado a uma matriz inerte por ligação covalente (braço de intercalagem) •Remoção das proteínas que reconheceram o ligando é feita alterando as características do meio proteínas que não têm afinidade com o ligando Electroforese Gel SDS-PAGE •As proteínas tratadas com SDS ficam com a razão forma e carga por massa, similares Electroforese Gel Bidimensional Eixo Horizontal carga Eixo Vertical massa Centrifugação Sequenciação • Real da cadeia polipeptídica » Sequência de 8 passos • Do DNA do gene correspondente Espectroscopia Passos chave: 1. Produção de iões a partir da amostra 2. Separação dos iões com massas diferentes 3. Detecção dos iões produzidos no primeiro passo 4. Recolha de informação para construir o espectro de massa Para moléculas com a mesma carga, o tempo do detector é inversamente proporcional à massa. •O peso molecular é calculado usando o tempo de voo de um modelo Propriedades espectroscópicas dos aminoácidos • Absorção da luz UV (p.e.: Fen, Trp, Tyr) • Restantes aminoácidos absorvem IV » Ao incidir luz na amostra, a diferença entre a intensidade incidente e a transmitida permite determinar a absorvência » Como cada a.a. tem uma absorvância específica, é possível determinar a estrutura 3D da proteína Resumo Característica Processo de separação Carga Cromatografia por troca iónica; Electroforese; Tamanho Cromatografia de gel; SDS-PAGE; Centrifugação; Especificidade da ligação Cromatografia por afinidade; Critério de Pureza • Assume-se que a proteína se encontra num elevado grau de pureza, após se revelarem homogéneos todos os testes disponíveis para a caracterização de uma proteína » Métodos cromatográficos são pouco sofisticados na avaliação da pureza » Métodos electroforéticos são exactos para avaliar identidade molecular Exemplos de Proteinas Biológicas 1. Movimento Titina (actina, miosina, músculo) mantém integridade estrutural do sarcómero 2. Transporte Proteína carreadora (através membrana) passagem de substâncias através da membrana plasmática Hemoglobina, Mioglobina (por todo o corpo) transporte de gases através da circulação sanguínea 3. Transporte/ Auxílio célula Chaperones auxiliam a correcta “dobragem” da proteína encaminham proteína à destruição (proteínas proteolíticas) 4. Transdução de sinal Neurotransmissores (dopamina, serotonina, noradrenalida, acetilcolina) transdução de sinal durante a sinapse 5. Transmissão de sinais por todo o corpo (hormonas) Citocinina responsável pela ocorrência, ou nao, de divisões celulares Oxitocina provoca contracções do útero e ejecção do leite das glândulas mamárias 6. Reconhecimento celular Anticorpos localizados na membrana celular dos linfófitos B permitem fazer reconhecimento de substâncias ou organismos estranhos Exemplos de Proteinas Biológicas 7. Suporte Histonas conferem suporte ao material genético (formação de cromatina) 8. Estrutura Proteínas estruturais intrinsecas proteínas transmembranares ligadas ao citoesqueleto da célula Queratina confere protecção e estrutura a partes do corpo (p.e. cabelo, unhas) 9. Junção intercelular Actina inserção de numerosos filamentos de actina Exemplos de Proteinas Biológicas 10.Metabolismo Enzimas (agrupamento em sistemas enzimáticos nas membranas) metabolismo energético (fosforilação oxidativa e fotossíntese) 11.Coagulação Trombina (protrombina) colabora no processo de coagulação sanguínea transforma fibrinogénio em fibrina 12.Resposta inflamatória Sistema de complemento (proteínas de complemento) desencadeia uma reacção em cascata dando uma resposta inflamatória Exemplos de Proteinas Biológicas